According to the 1939 census, about 23.2 thousand Jews lived in the city, who accounted for 37.5% of the local population. In 1941, at the expense of refugees, the number of the Jewish population of Berdychiv, according to historians, increased to 25-26 thousand people.

Уже 1 июля 1941 года в городе началась негласная эвакуация семей партийных и советских работников. 5 июля 1941 года горожане стали стихийно покидать город. Проблема усложнялась тем, что мосты через реку Гнилопять были уничтожены, и перебраться можно было только на лодках. Также сотни еврейских семей скопились на железнодорожном вокзале, ожидая эшелонов для эвакуации. Но их не было. Всего, по приблизительным подсчетам, город смогла покинуть лишь треть еврейского населения. В оккупации остались около 20 тыс. евреев.

Нацисты контролировали город с 8 июля 1941 года по 5 января 1944 года. По воспоминаниям очевидцев, преследования и грабежи евреев начались, когда в город прибыли солдаты второй волны наступления. С 7 по 22 августа 1941 года оккупационные власти проводили акцию по переселению бердичевских евреев в гетто. Оно располагалось в районе городского рынка и ограничивалось улицами Старогородской, Муромской (ныне 30-летия Победы) и Штейновской (ныне Льва Толстого).

Евреев переселяли в старые дома, в которых до войны жила городская беднота, по пять—шесть семей в помещение. В комнате могло проживать до 10 человек. Гетто от внешнего мира не ограждали, и евреям было дозволено выходить на рынок за продовольствием, но в вечерние часы после 18:00, когда на рынке уже никого не было.

Расстрелы проходили с августа по ноябрь 1941 года. 25 августа 1941 года оккупанты уничтожили 546 человек. Спустя два дня в районе села Быстрик еще порядка двух тысяч человек, а 28 августа — еще около 300 евреев.

В сентябре нацисты расстреляли около 20 тыс. человек. Массовые акции проходили 5 сентября 1941 года, когда было уничтожено 10,6 тыс. евреев и 15—16 сентября, когда оккупанты расстреляли 12 тыс. евреев Бердичева и близлежащих районов. 3 октября 1941 года нацисты уничтожили 3 тыс. евреев, а спустя месяц еще 2 тыс.

Всего после освобождения Бердичева Чрезвычайная государственная комиссия обнаружила в районе города 10 братских могил, в которых по официальным данным находилось порядка 18,6 тыс. человек.

Бердичевская трагедия стала первым массовым актом геноцида на территории Европы и бывшего СССР до Бабьего Яра.