В 1920-х в Мурафе проживало чуть больше 1 тыс. евреев. С началом военных действий часть из них покинула село. Часть осталась, поскольку не поверила рассказам эвакуировавшихся о зверствах оккупантов. К тому же советская пропаганда сообщала об успехах Красной Армии на Винницком направлении.

Летом 1941 года Мурафа была захвачена. Она попала в румынскую зону оккупации. Румынские власти превратили часть села под названием Старая Мурафа в еврейское гетто. В нем оказалось 800 местных евреев. Еще 400 евреев были привезены из Румынии. Их селили в дома к местным евреям, помещения школ, клубов и сараи. В результате плотность населения в гетто оказалась высокой и вспыхнула эпидемия тифа.

Евреям было запрещено под страхом расстрела покидать территорию гетто. Полицаи под различными предлогами проводили обыски, используя их как повод для грабежа евреев. Например, Хаим Горин — участник еврейского подполья вспоминал, что в дом его семьи, куда подселили несколько семей румынских евреев, полицаи приходили проверять, не празднуют ли евреи годовщину Октябрьской революции.

В начале 1942 года по инициативе румынских евреев был создан совет общины. Он обложил всех евреев налогами, из которых ежемесячно оккупантам и полицаям выплачивал взятки. Совет создал еврейскую полицию, которая отвечала за отправку узников на принудительные работы. Благодаря налогам и деньгам, поступавшим из Румынии, совет общины создал бесплатную кухню, больницу на 25 коек, детдом для 30 детей, аптеку, детский сад и школу.

Когда весной 1943 года один из местных крестьян обвинил евреев в ритуальном убийстве дочери, совет общины дал большую взятку румынским полицейским, которые оперативно нашли ребенка.

В гетто действовало подполье, которое смогло наладить доставку продовольствия узникам, которые не могли покидать территорию гетто. Также подпольщики вели разведку и отправляли людей к партизанам. В марте 1944 года часть подпольщиков оккупанты арестовали, но остальным удалось уйти.

В марте 1944 года накануне отступления оккупанты вывели узников рыть рвы под видом строительства линии обороны. Очевидно, готовилась акция уничтожения. Однако подпольщики сообщили об этом партизанам. Те 19 марта 1944 года взяли село. На следующий день к Мурафе подоспели регулярные войска Красной Армии, и узники гетто остались живы.