Со второй половины XIX века в Душанбе селились бухарские евреи. К началу ХХ века на территории населённого пункта уже имелось еврейское кладбище. После установления большевиками контроля над Таджикистаном еврейская община Душанбе пополнилась ашкенази из европейской части России, а затем и других частей СССР.

В конце 1980-х еврейское население Душанбе превышало 12,2 тыс. человек. После гражданской войны и массовой миграции к 2000 году в городе проживало более 200 евреев. Несмотря на отсутствие численного еврейского населения, еврейское кладбище ухожено и каталогизировано.

Бухарские евреи, проживающие за границей, регулярно приезжают в Душанбе навестить могилы родственников. Об этом свидетельствуют и надписи на отдельных могилах. Например, на надгробной плите Абаева Натана Рабикаевича (1937—1974), могила которого расположена на Нижнем кладбище, имеется надпись: «От жены, сына и дочери из Вены».

Всемирный конгресс бухарских евреев (Нью-Йорк) создал «Фонд Таджикистан», который выделяет средства на помощь оставшимся в Таджикистане евреям и поддержание еврейского наследия. Также, конгресс назначил исполнительного директора Михаила Калантарова, в обязанности которого входит поддержка функционирования синагоги в Душанбе и уход за еврейским кладбищем.

Осенью 2021 года Калантаров приехал в Душанбе, чтобы начать ремонт кладбища. Оно расположено на склоне горы и при сильных ливнях могилы заливает. Поэтому реконструкция кладбища началась с укрепления склона горы. Запланирован ремонт лестницы, ведущей с верхнего кладбища на нижнее, реставрация надгробных плит и памятников, а также строительство сторожки и дома для омовений.

На кладбище несколько типов могил: от традиционных мацев до саркофагов, стел, могил с горизонтальным расположением плиты, надгробных камней и надгробий, характерных для советского периода.

Надписи на надгробных плитах сделаны на русском и иврите. Причем на некоторых могилах надписи на иврите преобладают. На русском лишь содержат антропонимические данные покойного. Например, на нижнем кладбище расположена могила Або Мататова (1878—1969), на которой на русском написаны лишь имя и фамилия. Вверху расположен семисвечник в обрамлении надписи на иврите. Под ним — информация на иврите.

Также надписи на иврите преобладают на могильном камне захоронения Абрамова Авреха Ханаровича (1938—1974). В верхней части могильного камня расположены семисвечник и две Звезды Давида.