По данным переписи 1939 года в городе было 9,2 тыс. евреев. После того, как началась война, часть из них была призвана в Красную Армию, часть успела уехать в эвакуацию. По данным исследователей, в городе осталось не более 4,5 тыс. евреев. Также Белая Церковь была местом, куда привозили на уничтожение евреев из близлежащих районов. На территории города было два концлагеря.

В середине июля 1941 года нацисты взяли под контроль Белую Церковь. Город принадлежал к региону, в котором нацисты не откладывали политику уничтожения, создавая гетто. Как и в Киеве, оккупанты сразу приступили к репрессиям.

Уже 5 августа 1941 годы был издан приказ бургомистра. Он содержал требование всем евреям старше 12 лет явиться в место регистрации.

В середине августа 1941 года в районе складских помещений Белоцерковского районного универмага нацисты расстреляли 30 евреев.

В 20-х числах августа в город прибыла айнзатцгруппа «С» и расстрелы приобрели систематический и массовый характер. Местами уничтожения еврейского населения стали:

• Район Третьей площадки за городским рынком. Здесь в конце августа 1941 году нацисты уничтожили около 700 евреев, задействованных на принудительных работах по уборке улиц.
• Двор городской тюрьмы на улице Подвальной, где в декабре 1941 года нацисты уничтожили два десятка заключенных-евреев.
• Место расположения воинской части, известное как Седьмая площадка. Здесь проходили расстрелы жителей Белой Церкви, а весной 1942 года нацисты уничтожили около 200 евреев, привезенных в город из прилегающих районов.

Одним из наиболее запоминающихся эпизодов Холокоста в Белой Церкви стал расстрел детей грудного и дошкольного возраста. 20 августа 1941 года солдаты пожаловались полковым капелланам на плач, который разносится в одном из домов по улице Ярослава Мудрого. Священники узнали, что в доме осталось около 90 детей, оставшихся без родителей. Они обратились к командующему 6-й армией Вальтеру фон Рейхенау с просьбой решить вопрос.

Командующий приказал избавиться от детей в кратчайшие сроки и выделил солдат на помощь карателям. Ночью 21 августа нацисты вывезли детей трактором в лесополосу, где солдаты вырыли ямы. В расстреле принимали участие пособники нацистов из местного населения.

В 1943 году нацисты попытались уничтожить следы преступлений. Советская государственная комиссия, которая расследовала преступления, не проводила эксгумацию. Все акты были составлены на основе показаний свидетелей. Поэтому исследователи могут говорить только о приблизительных данных о жертвах. По их подсчетам в Белой Церкви было уничтожено более 5 тыс. евреев.