Практически сразу после оккупации Дубоссар немцами и румынами, в городе на территории табачной фабрики было создано гетто. В него согнали не только местных евреев, но также и из окрестных населенных пунктов, Одессы, Тирасполя, Кишинева. По свидетельствам очевидцев, в начале августа 1941-го в гетто насчитывалось не менее 8000 человек. Массовые расстрелы евреев начались уже в начале сентября. В них участвовала специальная команда немцев, румынские жандармы и местная полиция. Перед этим жители близлежащих сел были согнаны на рытье ям под видом картофелехранилищ. Именно они должны были стать братскими могилами для узников гетто.

В ночь на 12 сентября 1941 года немцы и их приспешники начали массовое уничтожение находящихся в дубоссарском гетто евреев. Обреченных на смерть собирали во дворе табачной фабрики, запирали в подвалы, предварительно отняв все ценные вещи и драгоценности. При этом делалось это с особой жестокостью: у женщин серьги выдирались вместе с мочками ушей, клещами выдирали изо рта золотые коронки, выбивали их молотками. С пальцев сдирали кольца вместе с кожей — если это не получалось, палец отрезали или отрубали.

Дети отделялись от матерей, мужья от жен. Далее, группами по 20-30 человек евреев выводили на расстрел. Перед этим их заставили раздеваться и становиться на колени у края траншеи.

Первыми убивали мужчин, далее очередь была за женщинами и детьми. Когда траншеи наполнялись телами, их забрасывали землей, а лежащие возле них вещи и обувь жертв забирали себе полицаи. К полудню 12 сентября были расстреляны 2500 узников гетто. По свидетельствам местных жителей, расстреляв очередную партию узников, немцы выпивали и закусывали у накрытых неподалеку столах, а полицаи и румыны-жандармы в это время сталкивали тела жертв, которые не упали в ров. При этом перед сбрасыванием им еще протыкали вилами животы для гарантии смерти.

Смертельный конвейер работал две недели — каратели делали свое черное дело без перерывов. Ежедневно в гетто Дубоссар доставлялись новые и новые жертвы из разных городов и районов Транснистрии, которые, почти сразу конвоировались жандармами и полицаями к месту расстрела.

По разным оценкам, с 12 по 28 сентября 1941-го были расстреляны от 6000 до 18500 евреев. Точное число установить так и не удалось, поскольку каратели не составляли никаких списков и не вели учет жертв.

Расстрел узников еврейского гетто в Дубоссарах является самым страшным актом холокоста на территории современной Молдавии. На месте массовых расстрелов установлен мемориал в память жертв нацизма.