Захват Каменец-Подольского немцами и их союзниками венграми состоялся в июле 1941-го. Вскоре, в Старом городе оккупанты расстреляли 60 еврейских мужчин. Местная администрация, назначенная оккупационными венгерскими властями, начала проводить активную антиеврейскую пропаганду, отвечала за регистрацию евреев города в созданном юденрате, а также следила за ношением евреями нашивок в виде звезды Давида. В августе 1941-го все еврейское население переселили в гетто, организованное в кварталах Старого города. С июля венгерская оккупационная власть начала осуществлять депортацию евреев из Подкарпатской Руси и уже к середине августа 10000 из них оказались в Каменец-Подольском. Сначала их поместили в старом замке, а потом отправили в гетто. Все они были казнены 26 августа, а в течение последующих двух дней также расстреляли и примерно столько же местных, каменец-подольских евреев. Смогли выжить те из них, кто входил в рабочие команды на предприятиях, которые выполняли военные заказы оккупационной власти.

Убийства возобновились летом 1942-го, когда были расстреляны 800 человек, в основном старики и дети, и продолжались весь год. Летом и осенью 1942-го в городское гетто депортировали часть евреев-специалистов из ликвидированных гетто в Каменец-Подольском районе.

На конец осени число узников гетто составляло примерно 5000 человек. Они были отправлены в новое гетто, которое оккупанты создали на территории бывшего химинститута. Уже в первых числах ноября 1942-го, когда были расстреляны остававшиеся в гетто 4000 заключенных-евреев, оно прекратило свое существование.

Немногим более 500 евреев удалось сбежать до расстрелов, однако, большинство было поймано местной полицией и оккупантами, и также расстреляно. Убийства немногих переживших расстрелы 1941-42 годов, продолжились и в 1943-м, но уже к марту фактически все еврейское население Каменец-Подольского было ликвидировано оккупантами.

Согласно архивным данным, свидетельствам очевидцев, а также результатам специальных комиссий по расследованию нацистских преступлений, общее число жертв геноцида евреев составило около 30000, из них примерно 12000 — местные евреи Каменец-Подольского и его окрестностей, а остальные — депортированные из других стран Восточной Европы.