Меркине — небольшой город на юге Литвы с населением 1,2 тыс. человек. Впервые упоминается в письменных источниках под 1359 годом. В XVI веке город получил Магдебургское право. Тогда же в городе начали селиться евреи. Сохранился документ о тяжбе христианина с неким евреем Конюком по поводу долга, датированный 1539 годом. Он считается первым упоминанием о евреях в городе.

В 1551 году община Меркине была освобождена от уплаты особого налога решением Литовского сейма. К 1765 году в городе было 444 еврея, которые платили подушный налог. К 1847 году число евреев возросло до 1,5 тыс., а спустя полвека достигло 1,9 тыс. Они составляли 73% общей численности городского населения. В городе было три молитвенных дома и несколько учебных заведений. Евреи играли важную роль в городском ремесле и торговле. По сообщениям источников община могла содержать не только несколько школ и библиотеку с фондом в 3 тыс. книг, но и собственную пожарную команду и оркестр.

В независимой Литве (1918—1940) у евреев Меркине были три светских и одна религиозная школа. Помимо торговли, евреи занимались лесосплавом, владели мукомольным заводом и лесопилкой. В городе существовал Еврейский банк, игравший важную роль в экономической жизни города.

В Меркине действовали сионистские и еврейские коммунистические организации. До начала Второй мировой войны в городе проживало 350 еврейских семей.

К концу лета 1940 года Литва была оккупирована советскими войсками. В июне 1941 года их вытеснили немецкие оккупанты. Из-за быстрого наступления нацистов евреям не удалось покинуть город.

Первые убийства в городе устроили местные националисты. В июле 1941 года состоялось еще несколько акций уничтожения. Часть евреев расстреляли, а часть были утоплены в реке Неман. В городе нацисты организовали гетто. Оно располагалось во дворе местной синагоги, которую окружили колючей проволокой. Нацисты разделили женщин, детей и мужчин.

Узников гетто заставляли расчищать руины города и убирать улицы. Литовцам разрешалось использовать узников в качестве дармовой рабочей силы в подсобном хозяйстве.

В конце августа 1941 года оккупанты организовали акцию уничтожения. Узников гетто заставили вырыть длинные траншеи вдоль стены еврейского кладбища. В ночь 8 сентября 1941 года местная литовская полиция окружила гетто. Евреи знали об акции уничтожения и ночь провели в молитве. Утром узников гетто расстреляли. Всего в Меркине погибло 854 человека.