По данным 2016 года в Чернигове было 11 кладбищ. Из них работали лишь пять. Еврейское кладбище расположено по улице Любецкая. Его считают самым старым из сохранившихся некрополей и единственным конфессиональным кладбищем города.

Точная дата основания кладбища неизвестна. Установлено, что в первой половине XIX века после создания Петропавловского межконфессионального кладбища еврейская община приобрела участок земли под собственное кладбище. После этого Петропавловское кладбище получило неофициальное название Русское кладбище.

В годы оккупации евреи, опасаясь репрессий, хоронили умерших на Петропавловском кладбище. Тогда же в юго-западной части кладбища появились могилы расстрелянных румынских солдат, а в западной исследователи предполагают наличие братской могилы советских воинов, которые погибли в боях за освобождение Чернигова от захватчиков.

Исследователи предполагают, что на территории существовало помещение для прочтения молитв и подготовки покойного, но его следов не сохранилось.

За период ХХ века территория кладбища возросла вдвое. Если в 1908 году оно занимало 2,5 га, то уже к 1953 году — около 4,6 га. В XXI веке площадь кладбища составляет 4,3 га. Наиболее ранние захоронения относятся к первой четверти XIX века, а поздние к середине 1970-х годов.

На кладбище можно найти склепы и мацевы с надписями, как на русском языке, так и на иврите. Есть могилы с надписями на русском, украшенные иудейской символикой. Надгробия, появившиеся в ХХ веке, в большинстве своем содержат надписи на русском языке. 

Кладбище сильно пострадало во время Второй мировой войны. После поражения под Сталинградом нацисты танками разрушили в центральной части склепы и могилы. В 2012 году на Шавуот вандалы разгромили 19 могил.

После войны советская власть начала проводить последовательную антисемитскую политику. К 1959 году в Чернигове была закрыта последняя синагога, а местная еврейская община снята с регистрации. Спустя почти десятилетие в 1968 году городские власти приняли решение о закрытии еврейского кладбища, которое было заполнено на 60%.

Сегодня кладбище находится под опекой местной еврейской общины и в ведении городских коммунальных служб.

Кладбище каталогизировано. В электронном каталоге, помимо прочих, есть 254 могилы, на которых полностью или частично отсутствуют хронологические и антропонимические данные.