Согласно переписи 1939 года в Чернигове проживало 12,2 тыс. евреев. Они составляли 17,7% горожан. В августе 1941 года в период наступления немецких войск в городе проводилась эвакуация населения.

Известно, что до того, как железнодорожное сообщение было отрезано, из города уехало четыре эшелона с жителями. После была попытка эвакуировать местное население водным транспортом вверх по Десне. Однако наступающие немецкие войска быстро перекрыли и эту транспортную артерию. Наконец, до конца августа горожане пытались самостоятельно выбраться из Чернигова пешком или на гужевом транспорте. Сколько среди беженцев было евреев, точно не известно.

9 сентября 1941 года в город вместе с оккупационными войсками прибыла айнзацгруппа 7б и расстреляла 19 евреев.

29 сентября 1941 года оккупационные власти издали приказ о регистрации граждан. Он требовал зарегистрироваться мужчинам от 16 до 45 лет, и всем евреям не зависимо от пола и возраста. С конца октября 1941 года начались систематические расстрелы. Известно, что 10 октября были расстреляны 116 евреев, 24 октября — 144, 28 октября — 30.

Еще одну акцию нацисты провели в ноябре 1941 года. По воспоминаниям очевидцев, был издан приказ, по которому евреи должны были явиться с вещами на одну из центральных площадей для переселения. В назначенный день собравшихся в указанном месте евреев окружили нацисты, отобрали вещи, погрузили в машины и отправили к месту расстрела.

Известно о нескольких местах расстрелов черниговских евреев:

• Карьер кирпичного завода №2.
• Урочище Березовый ров в районе села Коты.
• Раевщина.
• Второй Холодный Яр.

Еще одним местом уничтожения стала городская тюрьма Чернигова. Здесь оккупанты разделили заключенных на несколько категорий. Для евреев определили отдельную, вторую категорию. Заключенных, которые были отнесены к этой категории, держали без еды и воды в переполненных камерах. Детальный учет заключенных нацисты не вели. Евреев, которые оказались в черниговской тюрьме, уничтожали при помощи «душегубок» или расстреливали. Исследователям удалось восстановить имена лишь 36 евреев, погибших в городской тюрьме.

Уже 1 апреля 1942 года оккупационные власти рапортовали, что в городе не осталось ни одного еврея. В октябре 1943 года после деоккупации города выяснилось, что выжить смогли 27 евреев. Члены пяти семей жителей Чернигова, участвовавших в спасении евреев, попали в список праведников, созданный Еврейским советом Украины.